Im Jahr 1229 eroberte König Jaume I. el Conqueridor – Jakob I. von Aragon – die Balearen. Das Landgut Alcudia bekam Rui Peris, einer seiner Vasallen. Die rasch wachsende Siedlung, die um das Landgut entstand, erhielt 1298 von König Jakob II den Titel der Pfarrgemeinde und die Rechte eines Verwaltungszentrums. Eine Kirche wurde erbaut und der Bau der Stadtmauer begonnen, die der Stadt noch heute ihre besondere Note verleiht. Die Tore Porta de Sant Sebastia und Porta del Moll sind besonders gut erhalten.
Anfang des 16. Jahrhunderts protestierten die Bauern und Handwerker zuerst in Valencia gegen die Ausbeutung durch die Feudalherren. Der Aufstand wurde von Joan Crespi und Joanot Colom angeführt und schwappte im Jahr 1521 nach Mallorca über. Die Aufständischen beherrschten die Insel zwei Jahre lang von Palma aus. Während dieser Zeit verschanzten sich die Adligen hinter den Mauern Alcudias. 1522 schlug König Karl I. von Spanien den Aufstand nieder. Hierbei stand ihm das Heer von Alcudia zur Seite. Zum Dank dafür ernannte der Habsburger Karl I. – der spätere Kaiser Karl V. – Alcudia zur Stadt. Daher zeigt das Stadtwappen den Doppeladler der Habsburger.
Geschwächt durch die Pest und andere Epidemien, die einen großen Teil der Menschen dahinrafften, und von Piraten terrorisiert, durchlitt die Stadt im 16. Jahrhundert eine schwierige Zeit. 1660 errichtete man einen weiteren Mauerring. Im 18. Jahrhundert baute man den Hafen aus, um den internationalen Handel zu fördern. Doch die wirtschaftliche Blüte schien vorbei zu sein.
Erst mit dem Anfang des 20. Jahrhunderts aufkommenden Fremdenverkehr und der beginnenden Industrialisierung ging es wieder aufwärts. Die Aufnahme des Fährverkehrs zur Nachbarinsel Menorca belebte die Wirtschaft. 1957 baute man im Hafen von Alcudia ein Kohlekraftwerk zur Stromerzeugung für Mallorca. In den 80er Jahren wurde es durch ein neues, effektiveres Kraftwerk ersetzt und soll nun in ein modernes Museum umgewandelt werden.